港鐵於2020年12月提出以興建一條橫跨宋皇臺道的天橋連接北帝街，取代行人隧道方案。 其中一個建議為天橋直接由車站大堂連貫北帝街，技術可行性較低，需時五至六年；另一方案中的天橋只連接將於通車時啟用的地面行人通道，不直通車站大堂，則需時四至五年。 而其餘出入口則設於啟德新發展區，連接未來商住大廈及多用途體育場館等基礎建設，現時因該區發展仍在起步階段，車站一帶仍一片荒蕪，須以臨時行人通道接駁附近街道。
因聖保祿醫院的醫療服務獲得當時市民的不少正面評價，修會於是向政府申請在九龍興建一所性質相近的醫院，最終於1940年在九龍城現址創立了聖德肋撒醫院，初期只有一座四層高的建築。 隨著戰後醫療需求劇增，醫院在1960至70年代先後增建南座及北座，並開設護士學校。 土瓜灣地鐵出口 其後醫院進一步增加醫療服務範疇，於1985年完成了北翼的擴建工程，並先後增設血液透析中心、24小時普通科門診部、內窺鏡檢查部、眼科檢查部、心臟診斷中心等，以為有需要的病人提供更專門的醫療服務。 1970 年 6 月，譚公道 34–38 號（九龍內地段第4038號餘段）嘅業主利棧置業有限公司向建築物條例執行處入則，希望興建一座十一層高嘅住宅大廈連商舖。 當局留意到呢個地段有大概 8 呎嘅闊度同集體運輸鐵路專用範圍（MTR Reserve，即走綫預留範圍）重疊。 地政會議同時並且向布政司提出建議，由政府向業主收購大廈退台之後得出嘅長條形土地。
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2017年9月，於港鐵尖東站舉辦招聘會所展示的全港鐵路路線圖上，本站獲標示為土瓜灣站，唯港鐵回覆查詢指出有關資料僅是港鐵用作內部參考用途，未能作實。 土瓜灣體育館位於土瓜灣下鄉道66號 (毗鄰中華煤氣公司及翔龍灣)，於1987年10月啟用。 佛光街體育館位於何文田牧愛街18號(毗鄰香港房屋委員會)，於1990年12月啟用。 但如果希望有更多的選擇，就需要沿著馬頭圍道走，尋找不同的食肆和商場，例如在「啟岸The 土瓜灣地鐵出口 Vantage 」附近便有不少餐廳。
駕車人士應提前計劃行程，並透過不同的途徑(例如電台交通消息及運輸署「香港出行易」流動應用程式)了解最新的交通情況。 張嘉麟強調，車站命名對社區影響深遠，可謂「一子錯，滿盤皆落索」，他舉例指位於土瓜灣下鄉道內街有一家新建酒店，由於港鐵之前將附近車站命名為「馬頭圍站」，該酒店亦命名為「富薈馬頭圍酒店」。 自屯馬綫全綫開通後，服務土瓜灣區的巴士綫班次被削減，部分路綫（如九巴11號綫、85B綫）更被要求取消，讓區內居民需要支付較高車費出行。 土瓜灣站及宋皇臺站項目合約由「三星—新昌合營」取得，集團負責工程主要包括建造兩個鐵路車站以及全長約1.6公里的鐵路隧道。 而車站最初預計2018年啟用，然而受沙中綫偷工減料醜聞影響而須延期。
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香港鐵路有限公司，〈沙中綫好事成雙 九龍城段兩個車站同時平頂及落實站名〉［新聞稿］，2017年11月27日。 運輸及房屋局於2017年11月向立法會匯報沙中綫最新工程進度時表示，港鐵公司考慮到土瓜灣站附近發現大量宋元時代的古物，以及市民、區議會及團體的意見，建議把土瓜灣站正名為「宋皇臺站」，以反映其歷史代表性。 至同年11月27日，港鐵舉行九龍城段車站平頂典禮，運輸及房屋局同時正式宣布修改此站站名為「宋皇臺站」，以回應地區人士對站名彰顯宋季古蹟特色的訴求；而「土瓜灣站」一名則改用於原有之馬頭圍站。 但港鐵此次正式公佈站名修改，距港鐵起用新名字已有八年之久。 九鐵慮及即使在啟德發展後，土瓜灣站使用量仍會偏低，故提出將土瓜灣及馬頭圍站合而為一，成為馬頭角站。
後來啟德機場落實搬遷，因應當局提出的東南九龍發展計劃，1994年提出之《鐵路發展策略》將東九龍綫外移以服務九龍灣填海區，建議在填海區設置兩站，當中「九龍灣填海區南」站可視為土瓜灣站之雛形。 2000年政府發表《鐵路發展策略2000》，首次提出沙田至 中環綫的概念，九龍灣填海區南的車站正式命名為土瓜灣站。 使用全月通加強版、迪士尼綫月票、機場快綫旅遊票的乘客乘搭港鐵免費車程或只支付東鐵綫頭等額外費在指定車站並不能享有轉乘優惠。 使用「上水／烏溪沙—尖東全月通加強版」、「東涌—香港全月通加強版」、「東涌—南昌全月通加強版」、「迪士尼綫月票」或「機場快綫旅遊票」的乘客乘搭港鐵免費車程或只支付頭等額外費並不會享有此項優惠。 在2009年沙中綫九龍城段諮詢方案中，港鐵公司建議走綫由啟德新發展區的啟德站開始，經馬頭涌道和馬頭圍道，在馬頭涌道以東及馬頭圍道以南，分別設置土瓜灣站和馬頭圍站。
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而路政署與港鐵在2017年已得悉沉降問題，但並無對外公佈。 根據九廣鐵路公司對沙中綫的最終方案，車站會與原計劃中的宋皇臺站合併（當時分別稱為「馬頭圍站」及「土瓜灣站」），並命名為馬頭角站。 但在2007年7月的運輸及房屋局的合併方案建議中，重新建議採用原來方案，分別興建車站及宋皇臺站。 現時土瓜灣站設有一組車站藝術品，則為由香港藝術家梁美萍小姐製作的《家》。 該藝術品則根據逾百位土瓜灣街坊提供的家中物件製作相片，並印在車站玻璃板上以講述土瓜灣的故事，並寫下背後一個個尋常而獨一無二的故事。
通車前夕，港鐵在月台紫藍色柱身亦裝上與黃色部份一致的黑色浮雕站名，因顏色對比不大導致辨識度較差，被網民譏為「色盲（色弱）測試」，而在開放日當天，亦有市民認為難以看清楚站名。 港鐵隨後從善如流，在車站正式啟用前已將黑色浮雕站名以白色貼紙包裹。 車站設施方面，所有出入口均設有升降機或扶手電梯，共設6部升降機及10條扶手電梯；車站大堂的付費區亦設有洗手間及育嬰間，方便「人有三急」的乘客。
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2022年3月，港鐵向九龍城區議會交通及運輸委員會提交文件，表示現正進行行人天橋的設計工作，工程預計於 2023年動工建造，目標在2026年竣工。 土瓜灣地鐵出口 車站開放初期，不少市民到場參觀文物展櫃，以致須不時實施人潮管制措施，限制在指定範圍內近觀展品的人數，並播放廣播呼籲市民在其他時間前來。 由於展櫃處於已入閘區內，乘客若駐足細賞文物，有逾時出閘之虞，港鐵在展櫃附近設置流動拍卡機，供乘客查閱入閘時間及出閘時限（入閘時間起計150分鐘）。 宋皇臺站內裝以黃色作為主要色調，源於「皇」字與「黃」同音；輔以紫藍色於月台兩端及大堂部份牆身使用。
一群九龍城南角道商戶指沙中綫工程封路嚴重影響商戶生意，南角道地盤由2013年開始施工至今，該路段一條行車線被封，另一邊亦改劃為雙黃線。 鐵路施工4年以來不少商戶生意暴跌20%至40%，最少8間商舖結業。 南角道超過50間商戶於2017年11月27日傍晚6時聯合熄燈一小時抗議，要求港鐵賠償。 港鐵公司按沙田至中環綫環境影響評估報告的建議，在土瓜灣站工程展開前，在工地指定範圍內進行相關考古工作，於2012年11月至2013年12月期間進行。
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宋皇臺站設置島式月台，以四組樓梯與扶手電梯以及一台升降機與大堂層連接。 屯馬綫由此站至烏溪沙一段採用右上左落行車安排（承繼自原馬鞍山綫），有別於屯馬綫其餘路段與港鐵其他行車綫普遍採用的左上右落。 此站月台牆身的搪瓷板印有由地鐵公司退休建築師區傑棠書寫的站名書法大字，是首批不在原地鐵系統上印有由他書寫的書法字的車站。 有鑑於宋皇臺一帶的歷史底蘊，區氏選用宋代最為流行的行書呈現此站站名。 宋皇臺站的車站藝術，可見充滿歷史古蹟氣息，由陶藝家黃麗貞創作的《大地陶詞》，利用陶瓷浮雕詮釋宋代畫作，以現代手法回應當年宋朝皇室駕臨本港往事。